健康档案系统是在国家基本公共卫生服务规范2011年的基础上，为满足区域内基层医疗机构在开展基本公卫服务业务，所定制开发的业务系统。内容涵盖了从家庭档案、个人档案，儿童保健、孕产妇管理，以及到慢病管理、中医辨识等所有基本公卫的业务内容。
同时，健康档案系统在经开区、高新区、江汉区实现了与基层HIS系统的互联互通，将公卫业务延伸到日常医疗行为中，帮助机构更好的完成公卫的任务指标，也能更好的完善健康档案数据。
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