医院的核算主要有会计核算和成本核算两个方面。会计核算主要反映医院的整体经营状况；成本核算主要反映各个成本单元的经营状况。会计核算面向于对外披露统一标准的财务信息，属于财务会计范畴；成本核算面向于对内反映个性细节的经济状况，属于管理会计范畴。

目前，国内医院的会计核算大都比较成熟，但是在成本核算方面却较为落后，常见问题如下：

1.成本核算多为直接成本核算，间接成本没有或部分核算，没有达到全成本核算的程度；

2.基本通过手工的方式进行核算数据录入，财务人员大量的时间花在录凭证上面；

3.核算数据不能追朔到业务源头，对业务的控制力薄弱；

4.只核算不分析，财务工作质量不高；

5.会计核算和成本核算分离，账账不平，需要通过对账平衡数据。

账务处理是整个财务管理过程之根本，财务处理中的凭证填制的工作量是最大的，本系统中的凭证填制操作只需要几数秒中就可以完成一张凭证。并且复核、记帐、结帐和帐簿报表查询都非常快速方便.

实现一体化高效精度管理会计核算：

1，与往来管理、资产管理、物资管理、出纳管理、薪酬工资管理等子系统紧密集成，实现高度精细化、高效化、统一化的财务核算；

2，从相应归口科室采集科室成本数据，在会计核算的同时进行科室成本核算，实现财务成本一体化核算；

3，通过建立符合医院业务特点的科室全成本核算与成本分摊模型，通过多元、多级、多方式成本核算，核算出不同类型不同级别的科室的全成本，给医院算一笔明白账，为领导决策提供相应的成本信息；

4，与HIS系统紧密连接，采集各个业务科室的收入数据，核算出各个科室的效益，为科室的绩效考核提供对应的经济指标；

5，建立起一整套医院成本核算与成本管理制度，将成本管理的理论与方法成功引入到医院，提高全员的成本意识，节约资源；

6，充分发挥成本管理的管理会计功能，区分变动成本与固定成本、可控成本与不可控成本，优化医院财务结构与成本结构，提高医院的风险抵御能力。