新型农村合作医疗管理系统是在湖北省卫生厅的指导之下由蓝星软件技术有限公司开发完成的。本系统是以国务院农村合作医疗制度为依据，结合我国新型农村合作医疗“低水平，广覆盖”的特点，通过新型农村合作医疗管理委员会办公室（简称合管办）和医疗机构建立一体化、网络化的计算机信息管理系统，实现整个农村合作医疗管理体系。新型农村合作医疗管理系统由省数据中心、县（市）合管办客户端、县（市）和乡（镇）定点医疗机构客户端组成。新型农村合作医疗管理系统即提供给各级合管办工作人员最重要的业务办公平台，同时也为上级主管部门提供了业务监控平台。各级合管办通过此平台录入参合农户信息和报销业务等数据并通过互联网收集相应数据审核。上级主管部门也可以通过网络进行各县数据查询调控。通过这种网上交互的办公模式，既可以减轻了业务收集的繁琐，又可以实时调控。极大的提高了工作人员的办公效率，降低了工作的强度。