医院项目成本核算系统, 是指以临床服务类、医疗技术类科室开展的医疗服务项目为对象，归集和分配各项支出，计算各项目单位成本的过程。按医疗服务项目付费，是我国目前最主要的医疗付费方式。但长期以来，医疗服务项目价格与医疗服务项目成本严重背离，导致“以药养医”、“过度医疗”等现象，不仅使医疗机构经营陷入困境，更使的医患矛盾日益突出。项目成本核算的开展，为政府进行医疗服务项目合理定价、对医疗机构的财政补偿政策的制定等奠定了数据基础。
医疗服务项目成本是在科室全成本核算的基础上，将临床科室、医技科室的医疗成本向其提供的医疗服务项目进行归集和分摊，分摊参数优先采用项目收入比、工作量等，并以上述二级分摊后的结果为基础。
项目作业成本法，是先把临床、医技科室消耗的资源按资源动因分配到医疗作业，然后把作业成本按作业动因分配到成本对象（医疗项目）的核算方法。
病种成本核算系统，是指以病种为核算对象，按一定流程和方法归集相关费用，计算病种成本的过程。随着我国医疗改革的逐步深入，各种形式的医疗保险将成为医疗服务筹资的主要方式，按病种付费，也必将会逐步取代按项目付费，成为医疗保险控制医疗费超支的主要方式。病种成本核算的开展，为医院合理降低病人费用，节省医疗资源，为适应我国医保支付方式改革意义重大。
核算方法：按病种核算服务成本，应包括患者从诊断入院到出院所发生的各项费用支出。病种成本核算办法是将为治疗某一病种所耗费的医疗项目成本、药品成本及单独收费材料成本进行叠加，即“项目叠加法”。
（1）某病种总成本=∑（该病种出院病人核算期间内各医疗服务项目工作量×各该项目单位成本+药品成本+单独收费材料成本)
（2）某病种单位成本=该病种总成本/该病种出院病人总例数
以上医疗服务项目工作量可以从HIS系统取得，各项目单位成本可以项目成本核算结果为准。
开展临床路径的医院，可以在病种临床路径所需医疗服务项目的标准成本基础上核算病种的标准成本。
（3）某病种标准成本=∑（临床路径下该病种各医疗服务项目工作量×该项目单位成本）+∑药品成本+∑单独收费材料成本
以上项目工作量可从主管部门确定的病种临床路径所包含的项目计算取得，各项目单位成本可以项目成本核算结果为准。
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