我国目前开展的新型农村合作医疗是由政府组织、引导、支持、农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹集，以大病统筹为主的农村医疗互助共济制度。
中国13亿人口中有七成多是农民。事实上，二十世纪五六十年代中国曾在农村大面积实行过类似的合作医疗制度。解决数亿农民就医问题。但近年来随着市场经济制度的建立。合作医疗体制因缺乏投入而逐渐陷入瘫痪，绝大多数农民变成了毫无医疗保障的群体，目前我国农民还不富裕。在农村，农民大多不敢病，小病硬撑，大病由命。有资料显示，1990年至1999年全国农民平均收入从686元增加到2210元，增长了3.32倍。但农民看病的门诊费和住院费也分别由10.9元、47元增加到79元和289元。也就是说在收入仅增加3.32倍的情况下，门诊费、住院费分别增长了4.4倍和3.7倍。这意味着农民住一次院，就差不多花去全年收入。贫病交加，因为贫穷有了病没有钱看，因为有病致使更加贫困。这就是当今我国广大农村的一个普遍现象，看病成了农民头疼的问题。
农民看病问题，一直牵挂着中央领导的心，2002年十月，中共中央、国务院做出了《关于进一步加强农村卫生工作的决定》并在我国四省开展新型农村合作医疗改革的试点，积极组织引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度。2002年10月国家发布了进一步加强农村卫生工作的决定，提出要建立和完善农村合作医疗制度和医疗救助制度；2003年1月国家卫生部、财政部、农业部出台了关于建立新型农村合作医疗制度的意见；卫生部卫办基妇发（2003）47号文件关于做好新型农村合作医疗试点工作的通知。重点解决农民因患传染病、地方病等大病而出现的因病致贫、返贫问题。中央这些改革深入人心。
新型农村合作医疗覆盖地域广,参加农民人数多,管理环节涉及市、县、乡各级政府、财政、卫生、各级各类医疗卫生机构及农民个人等各个方面，监督管理要求高、范围广，工作量巨大，必须充分利用现代科技手段和信息技术解决传统手工管理的种种弊端，逐步建立起具有统一规范和标准，适合实际的新型农村合作医疗网络系统，更好地为广大农民和各级政府及部门提供快捷、准确、全面的信息，为农村合作医疗管理决策提供服务。
卫生部、国家发改委和财政部等七部委联合下发的《关于加快推进新型农村合作医疗试点工作的通知》（卫农卫发[2006]13号）明确提出：“要加快合作医疗信息化建设，逐步实现网上审核报销、监管和信息传输，加强规范管理”。《卫生部关于新型农村合作医疗信息系统建设的指导意见》（以下简称“指导意见”）(卫农卫发[2006]453号)对建立健全新型农村合作医疗信息系统作了总体规划和部署，要求立足于规范管理、提高效率和农民方便受益，在2—3年内建立起与新农合制度发展相适应，与建设中的国家卫生信息系统相衔接、较为完备和高效的新农合信息系统，在各级新农合管理部门、经办机构、定点医疗机构以及其他部门之间建立计算机网络联接，实现新农合业务管理的数字化、信息化和科学化，提高新农合工作效率和服务水平的建设目标。
为了配合国家和各级合作医疗管理机构对新型农村合作医疗管理工作的需要，加强合作医疗的信息化管理，改变以往管理机构繁重的手工活，减少大量人力物力财力的投入，北京伟达鹏程科技发展有限公司作为卫生医疗行业的专业软件公司，根据国家卫生部的文件指示，结合各位专家的宝贵经验，开发出《新型农村合作医疗信息系统》。
目前，该系统已按照2005年5月31日卫生部办公厅下发的《新型农村合作医疗信息系统基本规范（试行）》的通知要求对软件进行升级，完全符合规范要求。
软件功能分析
新农合信息系统建设的总体目标是，在各级新农合管理部门、经办机构、定点医疗机构之间建立计算机网络联接，全县实行统一规划与信息标准，实现新农合网上审核结算、实时监控和信息汇总，实现新农合业务管理的数字化、信息化和科学化，提高新农合工作效率和服务水平。
建立全县统一的新农合信息服务网络，利用VPN虚拟专网技术，建立覆盖全县的新农合业务网络和覆盖全县参合农民的资源数据库，统一业务经办系统，实现内部信息共享。通过与财政、民政、银行等其他部门横向互联，实现资源共享。
建立规范的新农合业务管理体系。利用信息技术，整合和优化业务处理模式，实现新农合登记、缴费、审核、支付等前台业务的计算机处理和规范化管理，实现业务处理过程的电子化和自动化。
建立完善的社会服务体系。充分利用现代信息技术方式，以满足新农合服务对象的实际需要为宗旨，提供多种形式，全方位的信息查询和政策咨询，增进社会化服务的广度和深度，构筑方便实用、技术可靠、多层次、多样化的社会化服务体系。
建立科学的宏观管理体系。通过建立决策支持数据库，为科学定制和调整各项政策提供支持。通过信息系统为新农合基金运行监管提供全面和及时的支持，以降低基金运行风险，保障基金安全运行。
以新农合基金管理为主线，探索农村卫生信息化建设思路，以达到为广大农民提供优质医疗保健服务的目的。
3 设计原则
可靠性原则
合理硬件配置和软件结构，保证平台运行的可靠性和稳定性，能够最大限度地支持业务的正常运行。
稳定性原则
尽力避免设备选择的随意性，采用稳定、可靠、有雄厚技术支撑能力的软硬设备；
合理性原则
考虑业务流量流向，合理设置网络架构和业务流程，充分有效地利用网络资源；
先进性原则
应用先进的技术，对新型农村合作医疗县级平台系统建设提供最完满的解决方案；
可扩展性原则
充分考虑新型合作医疗系统在未来的扩展要求，令网络可以平滑地扩充和升级，最大程度地减少对网络架构和设备的调整。