随着基本公共卫生服务资金以及内容的不断增加，项目监管难度越来越高。之前的基本公共卫生服务考核方式比较松散，是以最终结果为导向的考核，无法对服务过程及资金管理起到有效监管。为了确保每项基本公共卫生服务真正做实且资金分配体现“多劳多得，不劳不得”的基本原则，使用了基本公共卫生的即时结算系统。

通过对组织管理、资金管理、项目执行、项目效果四个角度的分析，系统内置考核方案，各县区根据自己的实际情况制定各自灵活的考核方案。考核方案从系统量化、评价考核、专家组考核三个维度进行综合考核得出考核成绩，并最终按照三个维度的各自的权重计算出最终成绩。平台将考核分数与补助经费挂钩。体现多劳多得、注重服务品质，不再简单的按照机构人员和支出水平核拨资金。