市县级妇幼保健院除了负有一般医院的“救死扶伤”的职责外，一般还负责本地区妇幼健康宣传与防疫工作，病员主要是儿童、妇女。
妇幼保健院规模一般较小，但收入一般较稳，针对儿科、妇科、产科技术相对专业、相关妇产设备也较全。
由于妇幼医院计算机操作员水平相对差，管理不规范，要求HIS必须将医院管理中错综复杂的业务流程内置在系统内部，体现给操作员的是易用、易用的交互界面；
妇幼医院针对儿科病员用药相对特殊，一般都要经过特殊处理（如分袋、墨细、喂药），因此往往需要在划价时，临时收取附加材料费用；
一般妇幼医院针对生产病员都开办一次性包干费用制，因此需要在结算时能够进行该业务的处理，并在费用超标时做出相应的提醒；
由于系统管理员一般都是财务科室兼职，计算机水平有限，要求HIS提供商必须做到若操作系统出现故障，只需要少量操作及可修复系统的架构；
任何类型的医院都要求HIS必须做得多个层次的数据安全，保密性好，员工按权操作，根据权限不能随意查看他人报表，不能拷贝医院的重要数据，不能泄露病人资料；当服务器遇到故障后，要能及时、准 确的恢复业务数据。